"Amikor ebben már megszilárdultunk, észre fogjuk venni, hogy a légzés további lelassítása mélyebb koncentrációhoz vezet. Használjuk fel ezt a mélyebb koncentrációt arra, hogy kiadjuk a következő feladatot az elménknek, ami az egyes csakrák színeinek hozzáadása. Ne adjuk hozzá a színeket, mielőtt képesek lennénk négyszer kimondeni minden egyes tő-mantrát. Ha még nem vagyunk képesek rá, akkor túl kevés időnk fog jutni a színek megfelelő vizualizációjára, ez pedig fel fogja izgatni az elménket.
Nagy a zűrzavar a csakrás színeivel kapcsolatban, részint azért, mert a szirmok színe, a virág közepének a színe és a csakrához tartozó elemet képviselő jantra (szakrális mértani alakzat) színe is eltérő. Például a föld elem jantrájaegy sárga négyzet, ami arra vezetett egyeseket, hogy a föld-csakrát sárgának próbálják vizualizálni. Eleinte azonban a csakra külsején látható színre kell koncentrálni, az pedig a szirmok színe.
A pop-art és a pszichedelikus művészet által inspirált különböző szerzők és tanítók saját csakra-színrendszert állítottak fel, a "bármi jöhet" mottóval vezérelve. Emellett, mivel a modern nyugati tanulók igényelték azt, hogy a színek sorrendje összhangban legyen az esztétikai érzékükkel, egyes tanítók a szivárvány színeit rendelték hozzá a csakrákhoz. A szirmok tényleges színét azonban megtaláljuk a Sat-csakra-nirúpanacímű jóga-sásztrában, melyet a nagy Swami Kuvalayananda a csakrákkal kapcsolatos alapműnek nyilvánított. Az olyan tiszteletre méltó tudósok, mint Sir John Woodroffe és Shyam Sunder Goswami is alátámasztották, hogy ezek a helyes színek.
A szirmok színei tehát a következők:
Múládhára(gyökér) csakra - sötétvörös vagy cinóber
Szvádhisthána(szakrális) csakra - naracsvörös vagy élénkvörös
Manipúra(köldök) csakra - kékesfekete, esőfelhő-szín
Anáhata(szív) csakra -tűzvörös, a bandúka virág színe
Visuddha(torok) csakra - bíborszínű
Ágjá(harmadik szem) csakra - ragyogó fehér"